文献互助智能选刊最新文献

高级搜索发布求助登录注册

首页 > 植物学

文献分享 | 对 60 万基因进行建模以实现功能性顺式调控变体的合理设计及顺式调控序列的从头设计

林木多组学研究 2024-09-28 15:44

文章摘要

本文介绍了一个名为PhytoExpr的深度学习模型，该模型通过训练来自17种植物的约60万个蛋白编码基因的调控序列，能够预测mRNA丰度和植物物种。PhytoExpr模型不仅能够定量注释输入序列的功能，还能设计功能性顺式调控变体和从头设计物种特异性顺式调节序列，为合成生物学提供了丰富的元件。研究还展示了PhytoExpr在未知物种和基因家族上的泛化能力，以及其在发掘转录调控区功能变异中的有效性。总体而言，PhytoExpr在基因表达预测和调控序列设计方面具有重要应用价值，未来研究需进一步优化模型以提高其准确性和适用性。

文献分享 | 对 60 万基因进行建模以实现功能性顺式调控变体的合理设计及顺式调控序列的从头设计

查看文献： Modeling 0.6 million genes for the rational design of functional <i>cis</i>-regulatory variants and de novo design of <i>cis-</i>regulatory sequences.
查看期刊：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

本站注明稿件来源为其他媒体的文/图等稿件均为转载稿，本站转载出于非商业性的教育和科研之目的，并不意味着赞同其观点或证实其内容的真实性。如转载稿涉及版权等问题，请作者速来电或来函联系。

推荐文献

Science Bulletin

Science Bulletin

Complex terrain causes global model prediction biases of 21.7 Zhengzhou extreme precipitation

DOI: 10.1016/j.scib.2025.09.015 Pub Date : 2026-01-30

IF 21.1 1区综合性期刊 Q1

Science Bulletin

iScience

iScience

Erratum: Combined HIF-1α blockade and CHIR99021 treatment reverses pulmonary fibrosis via modulation endothelial-to-mesenchymal transition.

DOI: 10.1016/j.isci.2026.114722 Pub Date : 2026-01-22 Date: 2026/2/20 0:00:00

IF 4.1 2区综合性期刊 Q1

iScience

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Transboundary water conflicts, cooperation, and pathways forward.

DOI: 10.1073/pnas.2537439123 Pub Date : 2026-02-10 Date: 2026/2/4 0:00:00

IF 9.1 1区综合性期刊 Q1

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

最新文章

文献分享 | 野生大豆内生菌Pseudomonas sp. 77S3对基因转录和代谢物的重编程提高大豆耐盐性

文献分享 | 野生大豆内生菌Pseudomonas sp. 77S3对基因转录和代谢物的重编程提高大豆耐盐性

本期分享的文献是2025年12月发表在Plant Biotechnology Journal杂志上的一篇研究论文，题为“Reprogramming of Gene Transcripts and Me

2025-12-31

文献分享 |植物基因组中形态发育相关的smORF

文献分享 |植物基因组中形态发育相关的smORF

本期分享的文献是 2012 年 8 月发表在 PNAS 上的一篇论文，文章标题为" Small open reading frames associated with morphogenesis ar

2025-12-30

文献分享|水稻代谢与染色质调控的双向协同作用提升耐热性

文献分享|水稻代谢与染色质调控的双向协同作用提升耐热性

本期介绍的文章是2025年11月在Nature Communications上发表的题为“Reciprocal control of metabolic and chromatin regulator

2025-12-27

文献分享|BioGPT: 用于生物医学文本生成和挖掘的生成式预训练transformer

文献分享|BioGPT: 用于生物医学文本生成和挖掘的生成式预训练transformer

本文标题为BioGPT: generative pre-trained transformer for biomedical text generation and mining，2022年发表于B

2025-12-26

Book学术官方微信

Book学术文献互助

Book学术文献互助群
群号：604180095

文献互助智能选刊最新文献互助须知联系我们：info@booksci.cn

Book学术提供免费学术资源搜索服务，方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。

Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.

京公网安备 11010802042870号京ICP备2023020795号-1