Chem Sci｜复旦大学药学院戚逸飞/王任小团队：设计蛋白-蛋白相互作用界面的深度学习模型

复旦大学药学院戚逸飞/王任小团队开发了一种名为ProBID-Net的深度学习模型，专门用于蛋白-蛋白相互作用（PPI）界面的序列设计。该模型能够根据受体蛋白结构预测配体蛋白界面上的氨基酸序列，并在多项测试中表现出色。ProBID-Net通过提取目标残基及其周围相邻链残基的主链原子密度分布，利用氨基酸的原子密度信息编码作为输入，输出各位置氨基酸的概率。研究结果显示，ProBID-Net在界面残基恢复率、困惑度、界面疏水保守性和折叠能力等方面均优于其他模型，如ProteinMPNN。此外，ProBID-Net在未经过突变样本训练的情况下，仍能预测蛋白复合物的结合亲合力变化，显示出其强大的泛化能力。该研究为蛋白-蛋白相互作用的设计提供了有效工具，并已开源其模型代码。