Mol Cell | 中山大学王金凯课题组开发深度学习算法揭示m6A在RNA异构体上的复杂性

本研究由中山大学王金凯课题组进行，旨在探索m6A在RNA异构体上的复杂性和选择性调控机制。研究背景基于真核生物pre-mRNA通过选择性加工形成不同RNA异构体的现象，而m6A是否能够选择性地标记这些异构体尚不明确。研究目的通过开发一种新的深度学习算法m6Aiso，利用APOBEC1-YTH在细胞内使内源RNA的m6A附近产生C-to-U突变，并通过第三代牛津纳米孔直接RNA测序技术，在单分子水平上检测m6A修饰。研究结论揭示了相同m6A位点在不同RNA异构体上通过至少三种不同机制产生广泛差异，特别是在上皮间质转化模型中，TGF-β诱导后，SMAD3通过招募METTL3/METTL14/WTAP选择性促进特定RNA异构体的m6A修饰。这一发现为理解m6A在RNA异构体上的复杂性和选择性调控提供了新的视角。