Cell丨一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法—Perturb-FISH

本文介绍了一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法—Perturb-FISH，旨在解决传统CRISPR筛选技术缺乏空间信息的问题。研究团队通过整合CRISPR筛选和成像空间转录组学，实现了单细胞水平同时检测基因扰动、转录组和空间信息。该方法在三种模型（THP1巨噬细胞模型、hiPSC星形胶质细胞模型和肿瘤异种移植模型）中进行了验证，证实了其与Perturb-seq在基因扰动效应上高度一致，并成功捕捉到细胞密度依赖的基因表达变化和邻近细胞的调控效应。研究还揭示了NF-κB通路基因的扰动效应受局部细胞密度调节、ASD风险基因敲除导致星形胶质细胞钙信号异常以及肿瘤细胞中NF-κB通路基因敲除影响T细胞激活标志物表达等生物学发现。Perturb-FISH为免疫响应、神经发育疾病和肿瘤免疫治疗提供了新视角。