西湖大学郭天南团队《自然·通讯》：开发首个预训练DIA蛋白质谱AI模型，显著提升蛋白质组鉴定深度

本文介绍了西湖大学郭天南团队在Nature Communications上发表的最新研究成果，开发了首个预训练DIA蛋白质谱AI模型DIA-BERT。该模型基于Transformer的BERT语言模型，通过预训练和微调的方式，显著提升了DIA蛋白质组的鉴定深度，尤其在低丰度蛋白质的识别和定量分析上表现出色。研究结果显示，DIA-BERT在多种癌症样本中的蛋白质识别数量比现有工具DIA-NN平均高出51%，并且在低丰度蛋白质的识别上提高了150%。此外，DIA-BERT还具有良好的泛化性和定量精度，适用于多种物种的蛋白质组数据分析。该研究为蛋白质组学领域提供了一种新的端到端预训练AI模型，具有重要的临床应用价值。