Cancer Cell｜郭天南团队联合荷兰Jimenez团队发布泛癌蛋白质组图谱

本研究由郭天南团队与荷兰Jimenez团队合作，利用数据非依赖性采集质谱（DIA-MS）技术构建了一个大规模泛癌蛋白质组图谱（TPCPA），覆盖22种癌症类型的999例原发肿瘤样本，共定量9,670种蛋白质。研究背景是目前大多数癌症研究集中在基因层面，缺乏跨癌种的大规模蛋白质组数据资源。研究目的是通过高通量DIA-MS技术建立泛癌蛋白质组图谱，系统分析癌种间和同种癌症内的蛋白表达特征，识别泛癌与特异性蛋白标志物、潜在靶点和亚型分类器。研究结论包括：1）揭示了癌种间蛋白表达聚类关系和13个功能模块；2）识别出一批具有临床转化潜力的蛋白标志物；3）在结直肠癌中构建了基于52种蛋白的CMS亚型分型模型；4）构建了一个75蛋白组成的实体肿瘤分类器，具备对原发灶不明的转移性肿瘤进行原发灶溯源的潜力。研究成果集成至在线数据平台TPCPA，提升了蛋白质组数据的可用性与转化潜力。