吉林大学朱有亮研究员团队 | PyGAMD: 基于Python的GPU加速分子动力学软件

本文介绍了吉林大学朱有亮研究员团队开发的PyGAMD，一个基于Python的GPU加速分子动力学软件。该软件专为聚合物等软物质设计，集成了多尺度模型、方法和力场，支持用户自定义势能函数，极大提升了分子动力学模拟的灵活性。PyGAMD还支持由DeePMD-kit训练的机器学习力场，并在性能测试中展现出与主流软件如GROMACS和LAMMPS相当的运行效率。通过多个测试案例，包括二嵌段共聚物、超软粒子模型、聚氧化乙烯（PEO）体系以及甲烷和水分子体系，验证了PyGAMD在粗粒化和全原子模拟中的功能和适用性。此外，PyGAMD还提供了扩展库，支持DNA、蛋白质、聚合物等大尺度体系的粗粒化建模。总体而言，PyGAMD在易用性和灵活性方面具有明显优势，为复杂体系的研究提供了新思路。