Mol Syst Biol｜AlphaDesign：基于AlphaFold的蛋白质从头设计框架

本文介绍了欧洲分子生物学实验室（EMBL）等机构开发的一种名为AlphaDesign的混合计算框架，该框架结合了AlphaFold结构预测与自回归扩散模型（ADM），实现了对蛋白质相互作用、构象变化和寡聚态的可控设计。背景部分指出，传统蛋白质设计方法存在泛化性不足和可表达性缺陷的问题。研究目的是通过AlphaDesign解决这些问题，并在实验中成功设计出能抑制细菌抗噬菌体防御系统毒素活性的新型蛋白质。结论表明，AlphaDesign在单体与寡聚体设计任务中的表现优于当前最先进的扩散模型RFDiffusion，并通过实验验证了其设计的蛋白质具有较高的溶解性和折叠稳定性。