GENOME RES | 上海交通大学韩泽广团队开发单细胞和空间转录组数据分析新方法，可解析特定环境下的基因程序

背景：功能性基因程序在健康与疾病中通过转录共调控影响细胞身份，但解码这些程序仍是生物医学研究的挑战。单细胞RNA测序和空间转录组学技术的发展为高分辨率表征基因程序提供了可能，但现有计算方法存在局限性。研究目的：上海交通大学韩泽广团队开发了DeCEP框架，旨在从单细胞和空间转录组数据中解码上下文特异性基因程序，通过构建功能网络识别核心基因，定量表征基因程序活性。结论：DeCEP在模拟和真实数据评估中优于现有方法，能精细解析基因程序，为揭示生物学过程和疾病机制提供重要工具，已应用于正常肝组织、阿尔兹海默症和癌症等案例研究。