Nature | 使用RFdiffusion实现原子级精度的抗体设计

本文聚焦于抗体计算设计领域，针对现有方法主要局限于亲和力优化而难以实现全新抗体从头设计的难题展开研究。背景方面，抗体作为蛋白质疗法的主要类别，其开发通常分为发现结合表位的抗体和优化抗体性能两个阶段，但全新抗体的从头设计仍具挑战。研究目的上，作者利用抗体复合物结构数据微调RFdiffusion模型，旨在实现原子级精度的抗体从头设计，该方法仅基于内部结构信息协同学习抗体摆放和CDR构象，并整合ProteinMPNN序列设计和RoseTTAFold2过滤机制。实验结论表明，针对流感血凝素等疾病靶点设计的VHH抗体可实现纳摩尔级亲和力，且冷冻电镜验证显示设计结构与实验数据高度一致，CDR3区域RMSD不超过1埃，证明了该方法的原子级精度设计能力。