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文献分享 |通过基础模型驱动的框架揭示肠道微生物中抗菌肽的进化

林木多组学研究 2025-12-08 22:10
文章摘要
背景：抗生素耐药性威胁公共卫生，推动抗菌肽（AMPs）的研发。蛋白质语言模型（PLMs）为AMP发现提供了新方法。研究目的：开发一个名为AMP-SEMiner的人工智能框架，整合PLMs、结构聚类和进化分析，以从宏基因组组装基因组（MAGs）中识别由小开放阅读框（smORFs）和含AMP蛋白编码的AMP。结论：AMP-SEMiner从多种环境中鉴定出超过160万个AMP候选序列，实验验证了其中9个具有抗菌活性。该框架能有效识别新型AMP，揭示了人类肠道微生物中AMP的保守性和适应性进化，为抗菌肽研究和新型抗生素开发提供了有力工具。
文献分享 |通过基础模型驱动的框架揭示肠道微生物中抗菌肽的进化
查看文献： Unveiling the evolution of antimicrobial peptides in gut microbes via foundation-model-powered framework.
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