【计算教程】分子动力学快速上手GROMACS模拟退火

本文是一篇关于在GROMACS软件中进行分子动力学模拟退火设置的教程。背景方面，文章指出退火在分子动力学模拟中常用于消除初始构型的高能态、帮助体系跨越能垒以及模拟升温-保温-降温过程，以构建更稳定的平衡结构。研究目的旨在详细介绍如何在GROMACS的mdp文件中配置退火参数，包括annealing、annealing-npoints、annealing-time和annealing-temp等关键设置，并提供了一个具体的单次退火设置示例，说明了温度随时间线性变化的过程。结论部分总结了通过正确设置这些参数，可以实现有效的模拟退火，优化分子动力学模拟过程。