KAUST高欣/南科大胡宇慧《自然·通讯》：基于亚细胞分辨率空间转录组的单细胞分割方法

本文介绍了沙特阿卜杜拉国王科技大学高欣教授和南方科技大学胡宇慧副教授团队提出的STP方法，该方法通过整合亚细胞分辨率的空间转录组数据与细胞核染色图像，实现了高精度的单细胞划分。背景方面，空间转录组技术已从粗粒度发展至亚细胞级别分辨率，但高分辨率数据带来了单细胞边界重建的挑战。研究目的是解决传统“Bin X”策略导致的细胞形态失真问题，通过结合图像与空间转录组数据，精确还原真实细胞边界。STP方法的核心步骤包括细胞核分割、空间映射、模拟退火扩展和下游注释分析。实验结果表明，STP在果蝇胚胎和小鼠胚胎模型中均表现出色，能够精确识别细胞类型并重建三维组织结构。结论指出，STP方法在发育生物学、组织工程和疾病研究中有广泛应用潜力，但仍需优化超参数适配性和数据质量敏感性等问题。