Nat Microbiol | 房刚团队开发在粪菌移植后追踪供体细菌的方法

背景：粪菌移植（FMT）已被证明在治疗艰难梭菌感染方面高度有效，并正用于探索治疗其他疾病如炎症性肠病和癌症。然而，哪些细菌菌株对长期康复起关键作用以及它们如何在新宿主环境中适应仍不清楚。研究目的：房刚团队开发了一项新技术，旨在FMT后追踪有益细菌，为供体微生物如何在患者肠道中定植并持续存在提供细致入微的视角。结论：该方法利用长读长DNA测序和计算工具LongTrack，能够区分相近细菌菌株并识别其独特遗传指纹，从而追踪供体细菌在患者肠道中长达五年的适应过程。研究发现许多供体细菌在受者微生物群中扎根并持续存在，部分菌株表现出指向适应的遗传突变，为设计更安全、有效的微生物组疗法提供了关键见解。