Nat Methods | 史偈君团队开发三代测序检测RNA修饰的算法基准平台，为多种修饰检测提供权威指南

本研究背景是RNA修饰在表观转录组学中至关重要，而纳米孔直接RNA测序技术为同时检测多种修饰提供了可能，但相关算法的性能缺乏系统评估。研究目的是构建高质量基准数据集，从准确性、生物学合理性、泛化能力和计算效率四个维度，对86种基于该技术的RNA修饰检测算法进行全面评估，涵盖m6A、假尿嘧啶等六种重要修饰。主要结论包括：结合体外转录和真实样本的重训练策略能显著提升工具性能，尤其是非m6A修饰；m6A检测工具整体表现优异，但非m6A工具仍有不足；算法设计影响生物学解释力；当前工具难以区分同一碱基上的不同修饰；重训练模型能有效适配测序技术的迭代。该研究为领域提供了实用的工具选择指南和算法优化方向。