Cell Genomics\u00A0|\u00A0张勇团队提出染色质调控基础模型ChromBERT

背景：转录调控因子、顺式调控元件与靶基因之间的相互作用构成转录调控网络，决定细胞类型特异的基因表达程序，但现有数据在“转录调控因子×细胞类型”组合空间覆盖度极低，多数细胞语境下的调控规律缺乏直接数据证据。研究目的：同济大学张勇教授团队构建首个解码和可解释性地表征染色质上转录调控网络的基础模型ChromBERT，旨在通过预训练学习通用调控特征，再经微调适配特定任务，以缓解数据稀缺与跨细胞状态泛化的挑战。结论：ChromBERT通过在大量人类ChIP-seq数据上进行预训练，学习全基因组位点特异性的调控因子互作语法，突破依赖特定细胞类型数据的局限；通过轻量级微调，能将通用调控知识有效迁移至其他细胞语境，高效表征特定生物学场景下的转录调控网络，并提供可解释的关键调控因子线索。