Genome Biol. | Andrew P. Hutchins\u00A0团队发现转座元件为三维基因组结构的关键决定因素

背景：转座元件（TE）占人类基因组近一半，虽大多失活，但在基因调控、发育及疾病中起重要作用。基因组DNA在细胞核内折叠成复杂三维结构，如A/B区室、TAD和染色质环，与转录调控和稳定性相关。传统Hi-C分析常丢弃TE相关读段，导致TE对三维结构贡献未被充分研究。研究目的：Andrew P. Hutchins团队开发te_hic工具，系统性评估TE在三维基因组中的作用，并探索其机制。结论：TE是哺乳动物细胞三维基因组结构的关键决定因素，仅TE-TE互作可解释约30%结构，加入TE-noTE互作贡献达78%。TE通过招募表观遗传或转录因子（如CTCF、SMARCA4、MAFK）塑造三维结构，实验验证SMARCA4或MAFK敲降减少TE介导的互作。研究提供了新分析工具和机制框架，深化了对三维基因组和TE功能的理解。