生物多样性 |\u00A0DNA序列长短不一,单倍型丰富度怎么算?新研究提出解决方案
生物多样性期刊
2026-03-13 19:10
文章摘要
背景:传统的遗传多样性计算通常要求DNA序列长度一致,但公共数据库中同一物种的序列常因来源不同而长度不一,这给单倍型识别和遗传多样性评估带来挑战。研究目的:针对不等长DNA序列,提出一种新的单倍型丰富度估算方法,以更准确地评估遗传多样性。结论:新方法基于随机序列间平均每核苷酸位点的碱基差异数进行估算,在动物COI基因及植物matK、rbcL基因数据集上的测试结果显示,与传统方法无显著差异,且在存在碱基缺失时单倍型识别能力更好,对不等长序列数据具有良好的估算性能和稳定性。应用该方法发现鸟类、哺乳动物和两栖动物的单倍型丰富度呈现不同的纬度梯度格局。研究有助于开发更精确的遗传多样性量化工具,为生物多样性研究与保护提供新的分析方法。
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