Nat Methods | 左永春/原致远合作开发空间多组学异构切片对齐的计算框架——3d-OT

本文背景是空间多组学技术快速发展，但现有方法难以全面整合多样化信息，且异构切片对齐面临非刚性形变与分辨率不均等挑战。研究目的是开发一个名为3d-OT的深度几何感知计算框架，以解决空间多组学异构切片对齐问题。该框架首次引入PointNet++实现深度几何感知，利用“软通讯”最优传输处理对齐难题，并引入倒角距离作为几何结构一致性评估指标。结论表明，3d-OT在单组学与多组学的特征提取、空间域识别及多种对齐任务中性能显著优于现有先进方法，成功应用于小鼠胚胎时空发育轨迹重建，证明了其捕捉新发育轨迹的潜力，填补了该领域的空白。