文献解读 | 中国农科院蔬菜花卉所张圣平团队发布黄瓜近完整参考基因组及多组学综合数据库

本文介绍了中国农业科学院蔬菜花卉研究所张圣平团队在《Molecular Plant》期刊上发表的研究成果。该团队公布了黄瓜的第一个近完整参考基因组（CLv4.0）和参考转录本数据集（CsRTD1），并建立了黄瓜多组学综合数据库Cucumber-DB。这一数据库整合了泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息，为黄瓜的功能基因组学和分子育种研究提供了全面的共享平台。黄瓜基因组中近30%的区域由复杂重复序列组成，这一比例远高于其他作物。通过利用超长ONT和Pacbio HiFi测序数据，研究团队成功提高了黄瓜参考基因组的质量，解析了着丝粒和端粒区域的序列，并确定了完整的着丝粒区域。此外，该研究还对黄瓜的全发育期和主要胁迫处理进行了转录组测序，注释出高质量基因，并构建了黄瓜参考转录本数据集，为转录本准确定量和可变剪切功能研究提供了重要参考。Cucumber-DB数据库的建立，为科研人员提供了丰富的数据和分析工具，极大地推动了植物功能基因组学的发展。