外源蛋白产量最高可提高至3倍！MIT开发Pichia-CLM模型学习酵母DNA「语言」

数据派THU 2026-03-05 17:00

文章摘要

背景：在生物制药与工业生物技术领域，重组蛋白的高效表达是核心，毕赤酵母是重要工业宿主，但同义密码子选择显著影响蛋白产量，传统基于密码子使用偏好的优化工具存在局限。研究目的：麻省理工学院研究团队开发基于深度学习的语言模型Pichia-CLM，旨在直接从毕赤酵母基因组数据中无偏学习氨基酸到密码子的映射规律，以优化外源蛋白表达。结论：Pichia-CLM在6类不同复杂度蛋白的实验中，相比4种商业工具，始终获得更高表达产量，最高提升达3倍，并能有效避免负向顺式调控元件，模型学习到的嵌入具有物理意义，为蛋白质生产提供了更优的智能设计方法。

外源蛋白产量最高可提高至3倍！MIT开发Pichia-CLM模型学习酵母DNA「语言」

查看文献： Pichia-CLM: A language model–based codon optimization pipeline for Komagataella phaffii
查看期刊：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

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