Nat Genet | 吃瓜群众福音：许勇/费章君团队破解西瓜基因组密码，以后西瓜会更甜更红

西瓜作为全球重要水果作物，其遗传多样性因驯化瓶颈和育种选择而显著降低。本研究基于135个新生成的参考级基因组组装，构建了覆盖西瓜属全部七个物种的种群级超级泛基因组，捕获了约100万个结构变异（SV），并在914份种质材料中完成变异基因分型。研究背景：传统基于SNP的变异图谱无法充分覆盖西瓜属遗传多样性，阻碍了农艺性状因果变异的鉴定。研究目的：通过构建高质量超级泛基因组，解析西瓜基因组进化与栽培西瓜起源，鉴定控制果实品质的关键结构变异。研究结论：将SV纳入全基因组关联分析可提高作图分辨率，揭示了ClFCI1基因上游拷贝数变异以剂量依赖方式调控果肉颜色强度。基于全面变异图谱，研究针对18个农艺性状开发了高精度基因组预测模型。该超级泛基因组资源加速了西瓜复杂性状解析与精准育种进程，并为其他作物中基于结构变异的泛基因组学研究提供了重要参考模型。DOI: 10.1038/s41588-026-02598-8