Microbiome | 猪胴体和新鲜猪肉在整个屠宰、加工和保质期内的微生物组和抗性组演替

背景：屠宰场和肉类加工厂是微生物污染和抗生素耐药性传播的关键场所。本研究旨在系统描述猪胴体和新鲜猪肉（里脊和腰肉）从屠宰线到保质期结束整个过程中的微生物组和抗性组演替。研究目的：通过全宏基因组测序分析设施表面、胴体和肉块样本，揭示加工步骤对细菌群落和抗生素耐药基因（ARGs）的影响。结论：加工步骤和与设施表面的接触显著塑造了猪肉产品的微生物组和抗性组。尽管加工程序有效减少了细菌和ARGs负荷，但在内脏后胴体和保质期结束的腰肉中观察到ARGs增加。不动杆菌和葡萄球菌是携带ARGs的主要属，四环素类、氨基糖苷类和林可酰胺类耐药基因最为常见。研究提供了基于宏基因组的详细视角，阐明了猪肉加工链中的微生物演替和耐药性传播。